Visualising the pattern of long-term genotype performance by leveraging a genomic prediction model

Vivi Arief Ian Delacy Thomas Payne Kaye Basford (2022, [Artículo])

Factor Analytic Genotype-By-Year Historical Data Relationship Matrix CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA GENOTYPES PLANT BREEDING SPRING WHEAT RESEARCH

EVALUACIÓN DE LA INTERACCIÓN ENTRE LAS ACTIVIDADES PRIORITARIAS DE PESCA Y CONSERVACIÓN EN EL SISTEMA SOCIOAMBIENTAL DEL GOLFO DE ULLOA. ESTUDIO DE CASO: Caretta caretta y Chelonia mydas (Linnaeus, 1758)

JEHIEL ZACIL RETANA ARELLANO (2023, [Tesis de maestría])

"El Golfo de Ulloa (GU) es un ecosistema de gran importancia socioeconómica y ecológica por su abundancia de recursos; se encuentra localizado en la costa occidental de Baja California Sur (BCS) bajo la influencia de la Corriente de California (CC). Debido a las artes de pesca empleadas en la zona, existe la interacción incidental con especies que no son el objetivo de la pesca, tal es el caso de las tortugas marinas, todas ellas sujetas a protección especial en la legislación nacional e internacional, sin embargo, a la fecha se desconoce una medición puntual de estas interacciones en el área; al respecto, en el presente trabajo se caracterizaron y dimensionaron las interacciones entre la actividad pesquera realizada con chinchorros y dos especies de tortugas marinas en la zona; para ello se consideró la información obtenida durante el censo pesquero de 2015 así como también la base de datos con información de avistamientos e interacciones de tortugas marinas con las actividades extractivas de la pesca realizada de junio 2015 a julio de 2016. Sobre la base de la información analizada, se registraron 5,661 chinchorros, de los cuales, el 95 % cumple con las medidas autorizadas en los permisos de pesca correspondientes. Por su parte, se registraron 458 avistamientos de tortugas marinas, de los cuales, el 56 % correspondió a tortuga amarilla y el resto a tortuga verde. Las interacciones de las tortugas con los sitios activos de pesca se categorizaron como: (1) viva sin enredo; (2) muerta sin enredo; (3) viva con enredo; y (4) muerta con enredo. Considerando ambas especies y estas categorías, para el periodo analizado, se observaron 85 registros, de los cuales, seis correspondieron a la categoría 1; cinco en la categoría 2; 42 en la categoría 3; y 32 en la categoría 4. Se determinó que la tortuga verde presentó mayor interacción (68.23 %) con respecto a la tortuga amarilla, con registros máximos en junio para ambas especies. Sobre estos registros, se creó un índice de interacción de artes de pesca y las tortugas marinas (IIAT), con el cual, se observó que el área de alto riesgo y daño dentro de la ZRP es muy reducida (<1 % del área total). Adicionalmente, a través de un análisis de probabilidad de Poisson se determinó que es considerablemente más probable (≈30 %) observar una tortuga viva y sin enredo que en cualesquiera de las otras tres categorías para las que se calculó una probabilidad máxima de observación de ≈12 % por cada cuadrante de 10 x 10 km..."

"The Gulf of Ulloa (GU) is an ecosystem of significant socioeconomic and ecological importance due to its abundance of resources. It is located on the western coast of Baja California Sur (BCS) and is influenced by the California Current (CC). Due to the fishing methods used in the area, there is bycatch with species that are not the target of fishing, such as sea turtles, all of which are subject to special protection under national and international legislation. However, there has been no specific measurement of these interactions in the area. In this study, the interactions between fishing activities using seine nets and two species of sea turtles in the area were characterized and quantified. The information obtained during the 2015 census and the database containing information on sea turtle sightings and interactions with fishing activities from June 2015 to July 2016 was considered. Based on the analyzed information, 5,661 seine nets were recorded, of which 95 % complied with the authorized measures in the corresponding fishing permits. Additionally, 458 sea turtle sightings were recorded, with 56 % corresponding to yellow turtles and the rest to green turtles. The interactions of turtles with active fishing sites were categorized as: (1) alive without entanglement; (2) dead without entanglement; (3) alive with entanglement; and (4) dead with entanglement. Considering both species and these categories, 85 records were observed during the analyzed period, of which six corresponded to category 1, five to category 2, 42 to category 3, and 32 to category 4. It was determined that the green turtle had a higher interaction rate (68.23 %) compared to the yellow turtle, with peak records in June for both species. Based on these records, an index of interaction between fishing gear and sea turtles (IIAT) was created. It was observed that the area of high risk and damage within the ZRP (Fishery Refuge Area) is very small (<1 % of the total area). Additionally, a Poisson probability analysis determined that it is considerably more likely (≈30 %) to observe an alive without entanglement turtle than in any of the other three categories, for which the maximum observation probability was ≈12 % for each 10 x 10 km quadrant..."

tortuga marina, captura incidental, pesca y conservación, refugio pesquero Sea turtle, bycatch, fishing and conservation, Fishery Refuge Area CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA CIENCIAS AGRARIAS PECES Y FAUNA SILVESTRE PROTECCIÓN DE LOS PECES PROTECCIÓN DE LOS PECES

Taxonomic versus ecological prey traits among arthropodophagous bats: implications for surveying trophic partitioning patterns

CINTYA ARACELI SEGURA TRUJILLO SERGIO TICUL ALVAREZ CASTAÑEDA SUSETTE SAMI CASTAÑEDA RICO Jesus Maldonado (2022, [Artículo])

"Species can coexist spatially and temporally by partitioning the niche space and forming complex assemblages made up of different species that share the prey resource. Chiroptera is the second most species-rich mammalian order and about 75% of bat species feed on arthropods, which makes these bats a good model group for studying complex trophic interactions. Next-generation parallel sequencing techniques allow a detailed analysis of arthropod resource partitioning patterns in bats. However, previous studies have not reached a consensus on the concordance between diet composition, habitat use, and segregation of trophic resources in bats. We analyzed diet composition in terms of taxonomy of the insect prey, and the prey characteristics. Feces of 16 bat species were examined in the Mexican Neotropics. We carried out a SIMPER (similarity percentage) test, nonmetric multidimensional scaling, and principal component analyses to identify general segregation patterns of trophic resources in relation to the habitat-use guild of bats and computed Pianka’s niche overlap index between species and Levin’s index to estimate the niche width of each species. Bats from the same locality tend to partition their diet, with a niche overlap ranging between 0.5 and 0.8. The highest values were found between species with different foraging behaviors. We suggest that future bat diet studies should incorporate the ecological and taxonomic information of arthropod prey to better understand the trophic interactions with bats."

"Aproximadamente el 75% de las especies de murciélagos se alimentan de artrópodos, algunas de estas especies pueden coexistir espacial y temporalmente al particionar el espacio del nicho. Los murciélagos forman ensamblajes complejos compuestos por diferentes especies que comparten su recurso trófico. Por tanto, los murciélagos pueden utilizarse como grupo modelo para estudiar interacciones tróficas complejas. Las técnicas de secuenciación masiva paralela del ADN permiten un análisis detallado de sus patrones de partición de recursos tróficos. Sin embargo, los estudios no han llegado a un consenso sobre la concordancia entre la composición de la dieta, el uso del hábitat y la partición de los recursos tróficos en los murciélagos. Analizamos la composición de la dieta en términos de taxonomía de los artrópodos presa y sus características ecológicas. Examinamos las heces de 16 especies de murciélagos a lo largo del Neotrópico Mexicano. Se utilizaron análisis de similitud porcentual (SIMPER), escalamiento multidimensional no métrico y análisis de componentes principales para identificar patrones generales de partición de recursos tróficos en relación con el gremio de uso de hábitat de los murciélagos. Calculamos el índice de superposición de nicho de Pianka entre especies y el índice de Levin para estimar la amplitud del nicho de cada especie. Encontramos que los murciélagos de la misma localidad tienden a diferenciar su dieta, con una superposición de nicho que varía entre 0.5 y 0.8. Los valores más altos se encontraron entre especies con diferentes hábitos de alimentación. Sugerimos que, en el futuro, los estudios de dieta de murciélagos consideren las características ecológicas de sus presas y utilicen la información taxonómica como clave para recuperar información sobre la biología de las presas y comprender la ecología de estas interacciones tróficas."

arthropods, bats, foraging ecology, next-generation sequencing, prey traits, resource partitioning, trophic ecology artrópodos, ecología trófca, murciélagos, partición de recursos, rasgos de presa, secuenciación de nueva generación BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA) ECOLOGÍA ANIMAL ECOLOGÍA ANIMAL

Protein retention assessment of four levels of poultry by-product substitution of fishmeal in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) diets using stable isotopes of nitrogen (δ15N) as natural tracers

DANIEL BADILLO ZAPATA (2014, [Artículo])

This is second part from an experiment where the nitrogen retention of poultry by-product meal (PBM) compared to fishmeal (FM) was evaluated using traditional indices. Here a quantitative method using stable isotope ratios of nitrogen (δ15N values) as natural tracers of nitrogen incorporation into fish biomass is assessed. Juvenile rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) were fed for 80 days on isotopically distinct diets in which 0, 33, 66 and 100% of FM as main protein source was replaced by PBM. The diets were isonitrogenous, isolipidic and similar in gross energy content. Fish in all treatments reached isotopic equilibrium by the end of the experiment. Two-source isotope mixing models that incorporated the isotopic composition of FM and PBM as well as that of formulated feeds, empirically derived trophic discrimination factors and the isotopic composition of fish that had reached isotopic equilibrium to the diets were used to obtain a quantitative estimate of the retention of each source of nitrogen. Fish fed the diets with 33 and 66% replacement of FM by PBM retained poultry by-product meal roughly in proportion to its level of inclusion in the diets, whereas no differences were detected in the protein efficiency ratio. Coupled with the similar biomass gain of fishes fed the different diets, our results support the inclusion of PBM as replacement for fishmeal in aquaculture feeds. A re-feeding experiment in which all fish were fed a diet of 100% FM for 28 days indicated isotopic turnover occurred very fast, providing further support for the potential of isotopic ratios as tracers of the retention of specific protein sources into fish tissues. Stable isotope analysis is a useful tool for studies that seek to obtain quantitative estimates of the retention of different protein sources. © 2014 Badillo et al.

nitrogen 15, nitrogen, protein intake, animal behavior, animal experiment, animal food, animal tissue, aquaculture, Article, biomass, controlled study, energy metabolism, food composition, juvenile animal, nonhuman, poultry by product meal, protein a CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA CIENCIAS DE LA TIERRA Y DEL ESPACIO OCEANOGRAFÍA OCEANOGRAFÍA