Estudio experimental con modelos físicos para generación de criterios de peligro por inundación y para caracterización de efectos del arrastre de sólidos sobre estructuras de cruce en ríos de zonas urbanas

JUAN ANTONIO LOPEZ OROZCO MANUEL MARTINEZ MORALES Cecia Millán-Barrera (2015, [Documento de trabajo])

El objetivo de este estudio es generar nomogramas de vulnerabilidad por inundaciones, aplicado a peatones, para la construcción de mapas de peligro integrales que consideren tirante máximo, velocidad máxima, estabilidad al vuelco y estabilidad al deslizamiento. De igual manera, se evalúan los efectos del flujo en el peatón en un módulo de una calle a escala real (1:1) variando los parámetros.

Ríos Control de inundaciones Simulación Zonas urbanas INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA

Análisis genómico y metagenómico para la búsqueda de proteínas con utilidad en deconstrucción de lignocelulosa

RAMON ALBERTO BATISTA GARCIA (2015, [Tesis de doctorado])

La creciente demanda de combustibles fósiles y los pronósticos de la industria

petrolera internacional demandan la necesidad de nuevos sistemas combustibles

como el bioetanol. Actualmente, los desechos lignocelulósicos se definen como las

principales materias primas para la producción de bioetanol y otros productos

valorizables en los esquemas de biorrefinación. Sin embargo, la deconstrucción de

la biomasa vegetal constituye un reto para la factibilidad y sostenibilidad de las

biorrefinerías. La organizada estructura polimérica y composición química de la

lignocelulosa define la recalcitrancia de este material, y a la vez se necesitan de

múltiples proteínas para su degradación, entre ellas: proteínas amorfogénicas,

celulasas, xilanasas, esterasas y peroxidasas. Los enfoques genómicos y

metagenómicos complementados con estudios de ecología clásica, permiten el

análisis integral de la biodiversidad y recursos genéticos de un ecosistema

determinado. Atendiendo a los criterios anteriores, el objetivo general de este

trabajo fue: “Analizar genes y/o proteínas con utilidad en la deconstrucción de

lignocelulosa para su conversión en materias primas de interés para las

biorrefinerías”.

Se identificaron las poblaciones bacterianas degradadoras de bagazo de caña de

azúcar mediante una librería de ARNr16S obtenida de un metagenoma de bagazo

de caña de azúcar, y se evidenciaron distantes relaciones filogenéticas con las

secuencias de referencias. A la vez se realizó la caracterización bioquímica y

estructural de una expansina de Schizophyllum commune con utilidad en la

liberación de glucosa y N-acetilglucosamina a partir de celulosa cristalina y quitina.

Para complementar los estudios anteriores, se estudiaron las actividades

ligninolíticas de cuatro hongos, los cuales mostraron capacidad para colonizar

diferentes sustratos lignocelulósicos. Aspergillus caesiellus H1 fue aislado de

bagazo de caña de azúcar en fermentación; mientras Cadophora sp. TS2,

Emericellopsis sp. TS 11 y Pseudogymnoascus sp. TS12 fueron aislados de la

esponja marina Steletta normani. Estos ascomicetos mostraron novedosos perfiles

de enzimas lignocelulolíticas respecto a termotolerancia, haloestabilidad y

temperatura y pH óptimos.

BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA

El arte de ser multifuncional: proteínas "workaholic"

ROSA ESTELA QUIROZ CASTAÑEDA JOSE HUGO AGUILAR DIAZ (2023, [Artículo])

La multifuncionalidad es una ventaja que la evolución le ha concedido sólo a algunas bacterias. Sí, la evolución, ese proceso que nos traído hasta donde estamos hoy y que nos seguirá empujando para prevalecer en los ambientes más hostiles de nuestro medio ambiente. ¿Y cómo es que la evolución ha sido tan benévola con algunos organismos? Las condiciones de vida no son las mismas para todos, hay situaciones en las que se requiere hacer un uso eficiente de la función de las proteínas con las que cuenta cada organismo. Es el caso de de las proteínas. Existen aquéllas que logran realizar más de una función a través de modificaciones que hacen de su propia estructura, pero otras, sin cambiar su estructura, pueden hacer más de una función. Esto resulta increíble como estrategia para muchas bacterias que, por azares de la evolución, han tenido que mantener un genoma pequeño. El genoma almacena toda la información para crear un organismo nuevo y realizar sus funciones biológicas básicas. Este genoma posee un código de cuatro letras llamadas bases, que se organizan en pares y crean millones de combinaciones que resultan en la diversidad biológica que conocemos.

BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA proteinas,

Dual function of EDTA with silver nanoparticles for root canal treatment–A novel modification

JUAN MANUEL MARTINEZ ANDRADE (2018, [Artículo])

The chelating and antimicrobial capacity of a novel modification of 17% EDTA with silver nanoparticles (AgNPs) (EDTA-AgNPs) was evaluated in-vitro for root canal treatment (RCT). The EDTA-AgNPs solution was characterized by UV-Vis spectroscopy, ?-potential and high-resolution transmission electron microscopy (HRTEM). Antimicrobial capacity was evaluated against Candida albicans and Staphylococcus aureus in planktonic and biofilm cells by broth macrodilution (24 h) and XTT assays, (1, 10 and 30 min) respectively. The chelating capacity of EDTA-AgNPs was assessed indirectly (smear layer removal) and directly (demineralizing effect) in bovine dentin at two silver concentrations, 16 and 512 ?g/ ml at 1 and 10 minutes of exposure time. Smear layer removal was evaluated by atomic force microscopy (AFM) and scanning electron microscopy (SEM). The demineralizing effect was determined by atomic absorption spectroscopy (AAS), microhardness test (MH) and X-ray diffractometer (XRD). Synthesized AgNPs were quasi-spherical in shape with an average size of 13.09 ± 8.05 nm. 17% EDTA-AgNPs was effective to inhibit C. albicans and S. aureus in planktonic and biofilm cultures. The smear layer removal and demineralizing effect were similar between 17% EDTA-AgNPs and 17% EDTA treatments. The 17% EDTA-AgNPs solution proved to be an effective antimicrobial agent, and has a similar chelating capacity to 17% EDTA alone. These in-vitro studies strongly suggest that EDTA-AgNPs could be used for effective smear layer removal, having an antimicrobial effect at the same time during RCT. © 2018 Martinez-Andrade et al. This is an open access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.

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La flora electrónica de México “eFloraMEX”: un sueño para los botánicos

MARIA VICTORIA SOSA ORTEGA Diego Angulo (2023, [Artículo])

La flora electrónica de México “eFloraMEX” documenta las especies de plantas vasculares nativas. Para iniciarla, se publicó en su portal la lista florística con aproximadamente 29,000 especies, representando el punto de partida del proyecto. La flora electrónica de México contendrá información e imágenes sobre las especies, así como claves de identificación y tratamientos taxonómicos. Taxónomos especialistas en grupos de plantas colaborarán en su desarrollo, coordinados por los comités editorial, ejecutivo y bioinformático. La eFloraMEX es un esfuerzo conjunto, por lo que cualquier taxónomo o institución interesada podrá participar.

BIODIVERSIDAD PLANTAS NATIVAS PLANTAS VASCULARES TAXONOMIA BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA VEGETAL (BOTÁNICA) TAXONOMÍA VEGETAL TAXONOMÍA VEGETAL

Factores determinantes en la estructuración de la comunidad de murciélagos en la Sierra de Omoa, Honduras

ALEX EMILIO VALLEJO HAM (2023, [Tesis de maestría])

BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA) ECOLOGÍA ANIMAL ECOLOGÍA ANIMAL

Corrigendum: The sole DNA ligase in Entamoeba histolytica is a high-fidelity DNA ligase involved in DNA damage repair

ELISA IRENE AZUARA LICEAGA Abigail Betanzos CESAR SALVADOR CARDONA FELIX ELIZABETH JACQUELINE CASTAÑEDA ORTIZ HELIOS CARDENAS HERNANDEZ ROSA ELENA CARDENAS GUERRA GUILLERMO PASTOR PALACIOS GUILLERMINA GARCIA RIVERA DAVID HERNANDEZ ALVAREZ CARLOS HUMBERTO TRASVIÑA ARENAS Corina Diaz Quezada Esther Orozco Luis Gabriel Brieba de Castro (2022, [Artículo])

"A Corrigendum on

The soleDNA ligase in Entamoeba histolytica is a high-fidelity DNA ligase involved in DNA damage repair

By Azuara-Liceaga E, Betanzos A, Cardona-Felix CS, Castañeda-Ortiz EJ, Cárdenas H, Cárdenas-Guerra RE, Pastor-Palacios G, García-Rivera G, Hernández-Álvarez D, Trasviña-Arenas CH, Diaz-Quezada C, Orozco E and Brieba LG (2018) Front. Cell. Infect. Microbiol. 8:214. doi: 10.3389/fcimb.2018.00214"

EhDNAlig Protozoan DNA insults Ligation Repairing 8-oxoG adduct NER and BER pathways BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA MICROBIOLOGÍA MICROBIOLOGÍA

La pandemia de los anfibios: el caso del hongo Batrachochytrium dendrobatidis

EMILIANO HERNANDEZ VALDES (2022, [Artículo])

Así como ocurren brotes de nuevos patógenos en humanos, también sucede con otras especies de animales. Actualmente, los anfibios se encuentran sufriendo la consecuencia de un patógeno nuevo que está acabando drásticamente con las poblaciones de diferentes especies de ranas. El hongo, denominado Batrachochytrium dendrobatidis, es una amenaza para la biodiversidad y los ecosistemas en general, debido a que los anfibios son organismos fundamentales para la sustentabilidad de todos los procesos ecológicos que se llevan a cabo en los diferentes ecosistemas que habitan. La quitridiomicosis es la enfermedad causada por este hongo y es responsable de la mayor pérdida de biodiversidad. Por esto, es vital comprender la distribución espacial de esta pandemia y su propagación.

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Evaluación química y biológica de formulaciones dermatológicas usadas en la medicina tradicional yucateca

ZURISADAI ESCOBAR CHAN (2023, [Tesis de doctorado])

BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA VEGETAL (BOTÁNICA) ECOLOGÍA VEGETAL ECOLOGÍA VEGETAL

Evaluación del uso de vibriófagos encapsulados en el alimento para el control de Vibrio parahaemolitycus causante de AHPND en el camarón Penaeus vannamei

Esther Imelda Ponce García (2023, [Tesis de maestría])

"Las enfermedades causadas por bacterias del género Vibrio en el cultivo de camarón son de gran importancia debido a su impacto negativo en la industria acuícola. Estas bacterias pueden causar diversas enfermedades en camarones, como la necrosis hepatopancreática aguda (AHPND). La fagoterapia es una alternativa para el biocontrol de estas bacterias patógenas que presenta importantes ventajas, como la alta especificidad a sus huéspedes, la replicación en el sitio de infección, y la capacidad de infectar a bacterias resistentes a antibióticos. Sin embargo, la estabilidad de los fagos en el sistema de cultivo es una preocupación latente, ya que los fagos presentan una estabilidad limitada en solución y experimentan una caída significativa en el título de fagos durante el procesamiento y almacenamiento. El método de encapsulación de bacteriófagos, un área que aún no se estudia del todo, se presenta como una potencial alternativa para atender esta problemática. En el presente estudio se evaluó la eficacia terapéutica de un cóctel de bacteriófagos (vB_Vp_PvVp05, vB_Vp_PvVp07 y vB_Vp_PvVp11), encapsulados en alginato de sodio comercial y de mediana viscosidad, pectina, carboxilmetilcelulosa, liposomas y liofilizado en pectina como agente de biocontrol de Vibrio parahaemolyticus para su uso en terapias fagicas pasiva y activa. Se observó que el encapsulado en alginato de sodio de mediana viscosidad presentó la mayor liberación de fagos activos y al momento de ser incorporado a alimento para camarón y horneados a 80 – 100°C, se mantuvo una concentración de 1.3 x105 UFP/g después de 100 días de almacenamiento. Para la evaluación de las terapias pasiva y activa se realizó una infección experimental en juveniles de Penaeus vannamei para conocer la efectividad de los encapsulados, utilizando para la terapia pasiva la cepa Vp M0904 y para la activa la cepa Vp M0605. El experimento de terapia pasiva mostró una mortalidad del 80.6% en los camarones a las 48 hpi (p > 0.05) y una concentración de 5 x102 UFC/mL de Vibrio spp. no fermentativos en TCBS. En el caso de la terapia activa no se presentó mortalidades, pero hubo una disminución de la concentración de Vibrio spp. no fermentativos en TCBS con 5.56 x101 UFC/mL a las 48 hpi (p < 0.05) y aumentó la densidad de vibriófagos en 1.4 x102 UFP/mL en el agua de los acuarios (p < 0.05)..."

"Diseases caused by bacteria of the Vibrio genus in shrimp farming are of great importance due to their negative impact on the aquaculture industry. These bacteria can cause various diseases in shrimp, such as acute hepatopancreatic necrosis disease (AHPND). Phage therapy is an alternative for the biocontrol of these pathogenic bacteria, offering significant advantages, including high specificity to their hosts, replication at the infection site, and the ability to infect antibiotic-resistant bacteria. However, the stability of phages in the farming system is a persistent concern, as phages have limited stability in solution and undergo a significant drop in phage titer during processing and storage. The method of bacteriophage encapsulation, an area that is not yet fully explored, emerges as a potential alternative to address this issue. In this study, the therapeutic efficacy of a cocktail of bacteriophages (vB_Vp_PvVp05, vB_Vp_PvVp07, and vB_Vp_PvVp11), encapsulated in commercial medium-viscosity sodium alginate, pectin, carboxymethylcellulose, liposomes, and lyophilized pectin, was evaluated as a biocontrol agent against Vibrio parahaemolyticus for use in passive and active phage therapies. It was observed that encapsulation in medium-viscosity sodium alginate showed the highest release of active phages, maintaining a concentration of 1.3 x 105 PFU/g after 100 days of storage when incorporated into shrimp feed and baked at 80–100°C.For the evaluation of passive and active therapies, an experimental infection was conducted on Penaeus vannamei juveniles to assess the effectiveness of the encapsulated phages. The passive therapy experiment showed a mortality rate of 80.6% in shrimp at 48 hpi (p > 0.05) and a concentration of 5 x 102 CFU/mL of non-fermentative Vibrio spp. on TCBS agar. In the case of active therapy, no mortalities were observed, but there was a decrease in the concentration of non-fermentative Vibrio sp. on TCBS agar to 5.56 x 101 CFU/mL at 48 hpi (p < 0.05), and the density of vibriophages increased to 1.4 x 102 PFU/mL in the aquarium water (p < 0.05). It was determined that passive therapy offered no advantage for the control of Vibrio parahaemolyticus, unlike active therapy, which proved to be effective in controlling this bacterium."

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