Whole-genome comparison between reference sequences and oyster Vibrio vulnificus C-genotype strains

CARLOS ABRAHAM GUERRERO RUIZ (2019, [Artículo])

Whole-genome sequences of Vibrio vulnificus clinical genotype (C-genotype) from the CICESE Culture Collection, isolated from oysters, were compared with reference sequences of CMCP6 and YJ016 V. vulnificus C-genotype strains of clinical origin. The RAST web server estimated the whole genome to be ~4.8 Mb in CICESE strain 316 and ~4.7 Mb in CICESE strain 325. No plasmids were detected in the CICESE strains. Based on a phylogenetic tree that was constructed with the whole-genome results, we observed high similarity between the reference sequences and oyster C-genotype isolates and a sharp contrast with environmental genotype (E-genotype) reference sequences, indicating that the differences between the C- and E-genotypes do not necessarily correspond to their isolation origin. The CICESE strains share 3488 genes (63.2%) with the YJ016 strain and 3500 genes (63.9%) with the CMCP6 strain. A total of 237 pathogenicity associated genes were selected from reference clinical strains, where—92 genes were from CMCP6, 126 genes from YJ016, and 19 from MO6-24/ O; the presence or absence of these genes was recorded for the CICESE strains. Of the 92 genes that were selected for CMCP6, 67 were present in both CICESE strains, as were as 86 of the 126 YJ016 genes and 13 of the 19 MO6-24/O genes. The detection of elements that are related to virulence in CICESE strains—such as the RTX gene cluster, vvhA and vvpE, the type IV pili cluster, the XII genomic island, and the viuB genes, suggests that environmental isolates with the C-genotype, have significant potential for infection. © 2019 Guerrero et al. This is an open access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.

Article, bacterial gene, bacterial strain, bacterial virulence, comparative study, controlled study, gene cluster, gene identification, genomic island, genotype, nonhuman, phylogenetic tree, sequence analysis, strain identification, Vibrio vulnificus BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA GENÉTICA GENÉTICA

Genetic analysis of Vibrio parahaemolyticus O3:K6 strains that have been isolated in Mexico since 1998

CARLOS ABRAHAM GUERRERO RUIZ (2017, [Artículo])

Vibrio parahaemolyticus is an important human pathogen that has been isolated worldwide from clinical cases, most of which have been associated with seafood consumption. Environmental and clinical toxigenic strains of V. parahaemolyticus that were isolated in Mexico from 1998 to 2012, including those from the only outbreak that has been reported in this country, were characterized genetically to assess the presence of the O3:K6 pandemic clone, and their genetic relationship to strains that are related to the pandemic clonal complex (CC3). Pathogenic tdh+ and tdh+/trh+ strains were analyzed by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) and multilocus sequence typing (MLST). Also, the entire genome of a Mexican O3:K6 strain was sequenced. Most of the strains were tdh/ORF8-positive and corresponded to the O3:K6 serotype. By PFGE and MLST, there was very close genetic relationship between ORF8/O3:K6 strains, and very high genetic diversities from non-pandemic strains. The genetic relationship is very close among O3:K6 strains that were isolated in Mexico and sequences that were available for strains in the CC3, based on the PubMLST database. The whole-genome sequence of CICESE-170 strain had high similarity with that of the reference RIMD 2210633 strain, and harbored 7 pathogenicity islands, including the 4 that denote O3:K6 pandemic strains. These results indicate that pandemic strains that have been isolated in Mexico show very close genetic relationship among them and with those isolated worldwide. © 2017 Guerrero et al. This is an open access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.

Article, bacterial strain, biofouling, controlled study, Crassostrea, food intake, gene sequence, genetic analysis, genetic variability, Japan, Mexican, Mexico, molecular phylogeny, nonhuman, pandemic, pathogenicity island, sea food, serotyping, toxi BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA GENÉTICA GENÉTICA

The Banana MaWRKY18, MaWRKY45, MaWRKY60 and MaWRKY70 Genes Encode Functional Transcription Factors and Display Differential Expression in Response to Defense Phytohormones

SERGIO GARCIA LAYNES VIRGINIA AURORA HERRERA VALENCIA Lilia Guadalupe Tamayo Torres VERONICA LIMONES BRIONES FELIPE ALONSO BARREDO POOL FRAY MARTIN BAAS ESPINOLA Ángel Gabriel Alpuche Solís CARLOS ALBERTO PUCH HAU SANTY PERAZA ECHEVERRIA (2022, [Artículo])

"WRKY transcription factors (TFs) play key roles in plant defense responses through phytohormone signaling pathways. However, their functions in tropical fruit crops, especially in banana, remain largely unknown. Several WRKY genes from the model plants rice (OsWRKY45) and Arabidopsis (AtWRKY18, AtWRKY60, AtWRKY70) have shown to be attractive TFs for engineering disease resistance. In this study, we isolated four banana cDNAs (MaWRKY18, MaWRKY45, MaWRKY60, and MaWRKY70) with homology to these rice and Arabidopsis WRKY genes. The MaWRKY cDNAs were isolated from the wild banana Musa acuminata ssp. malaccensis, which is resistant to several diseases of this crop and is a progenitor of most banana cultivars. The deduced amino acid sequences of the four MaWRKY cDNAs revealed the presence of the conserved WRKY domain of ~60 amino acids and a zinc-finger motif at the N-terminus. Based on the number of WRKY repeats and the structure of the zinc-finger motif, MaWRKY18 and MaWRKY60 belong to group II of WRKY TFs, while MaWRKY45 and MaWRKY70 are members of group III. Their corresponding proteins were located in the nuclei of onion epidermal cells and were shown to be functional TFs in yeast cells. Moreover, expression analyses revealed that the majority of these MaWRKY genes were upregulated by salicylic acid (SA) or methyl jasmonate (MeJA) phytohormones, although the expression levels were relatively higher with MeJA treatment. The fact that most of these banana WRKY genes were upregulated by SA or MeJA, which are involved in systemic acquired resistance (SAR) or induced systemic resistance (ISR), respectively, make them interesting candidates for bioengineering broad-spectrum resistance in this crop."

Banana Transcription factor WRKY Defense phytohormones Salicylic acid Methyl jasmonate SAR ISR Broad-spectrum resistance BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA GENÉTICA GENÉTICA

Evaluación del acondicionamiento reproductivo del ostión japonés (Magallana gigas) en dos sistemas de recirculación con prevalencia de polidóridos mediante la expresión de genes

Evaluation of Japanese oyster (Magallana gigas) broodstock conditioning in two recirculating systems with the prevalence of Polidorids through gene expression

Adrián Andrés Morales Guadarrama (2024, [Tesis de maestría])

El ostión Magallana gigas es ampliamente cultivado a nivel mundial. En Baja California, México, los laboratorios de reproducción deben acondicionar ostiones para su maduración y producción de gametos, y abastecer de semilla a los productores. En nuestro laboratorio, Sistemas de Recirculación Acuícola (SRA), con control del sistema CO2-Carbonatos (SRA-R) o sin control (SRA-C), han permitido madurar ostiones M. gigas y M. sikamea. Recientemente, los ostiones M. gigas acondicionados en nuestros SRA no maduraron, y algunos presentaron prevalencia de polidóridos (PP), poliquetos parásitos excavadores de concha. Para comprender la condición de los ostiones, evaluamos el efecto del SRA y de la PP sobre la expresión relativa de ocho genes asociados a biomineralización (VpATP y Tyr), inmunidad innata (P38, PGRP-L y TLR2) y reproducción (GnRH-RI, Vasa-like y SP1b) de M. gigas en dos etapas del acondicionamiento, 18 °C y 24 °C. La PP se determinó por la presencia de ampollas en la concha. Mediante RT-qPCR se determinó la expresión de VpATP, Tyr, P38, PGRP-L y TLR2 en el manto, y de GnRH-RI, Vasa-like y SP1b en la gónada. La expresión relativa se evaluó con un enfoque estadístico basado en un análisis Bayesiano de dos vías y comparaciones múltiples, p-valor significativo < 0.05 y corrección de Bonferroni. En 18 °C, la expresión de VpATP, Tyr, TLR2 y P38 fue mayor en ostiones con PP (CPP) que sin PP (SPP). En contraste, la expresión de GnRH-RI, Vasa-like y SP1b fue menor CPP que SPP. Dentro del SRA-C, en los ostiones CPP hubo mayor expresión de Tyr y menor expresión de Vasa-like y SP1b, respecto a los ostiones SPP. Esto sugiere que la PP induce la reparación de la concha y las respuestas inmune e inflamatoria en el manto mientras que en la gónada reduce el desarrollo de las células germinales. En 24 °C, en el SRA-R hubo menor expresión de SP1b respecto del SRA-C y sugiere menor división celular en la gónada. En conclusión, el SRA-R y la PP afectaron el balance energético del ostión japonés, limitando la energía y reflejando menor esfuerzo reproductivo en los ostiones del SRA-R al final del acondicionamiento reproductivo.

The Japanese oyster (Magallana gigas) is highly cultured worldwide. In Baja California, Mexico, the reproduction laboratories must condition oysters to maturity and have gametes to supply oyster seeds to producers. In our laboratory, recirculating aquaculture systems (RAS), with control of the CO2-Carbonate system (RAS-R) and without this control (RAS-C), have allowed oysters M. gigas and M. sikamea to mature. Recently, the M. gigas oysters conditioned in our RAS did not mature, and some have the prevalence of Polidorids (PP), shell-boring polychaete parasites. To understand the oysters' condition, we evaluated the effect of RAS and the PP on the relative expression of eight genes associated with biomineralization (VpATP and Tyr), innate immunity (P38, PGRP-L, and TLR2), and reproduction (GnRH-RI, Vasa-like, and SP1b) of M. gigas at two phases of broodstock conditioning, 18 °C and 24 °C. The PP was determined by mud blisters at the inner oyster shell. RT-qPCR determined the expression of VpATP, Tyr, p38, PGRP-L, and TLR2 in the mantle tissue and GnRH-RI, Vasa-like, and SP1b in the gonad tissue. The relative gene expression was evaluated by a Bayesian statistics frame based on a two-way and multiple comparison analysis, with significant p-value < 0.05 and Bonferroni correction. At 18 °C, there was higher expression of VpATP, Tyr, TLR2, and P38 in oysters with PP (WPP) than without PP (WOPP). In contrast, the expression of GnRH-RI, Vasa-like, and SP1b was less WPP than WOPP. It suggests that the PP induces shell repair and immune and inflammatory responses in mantle tissue, while in gonad tissue, it reduces the development of germinal cells. At 24 °C, in RAS-R, there was less expression of SP1b respect RAS-C, and it suggests less cellular division in the gonad. In conclusion, the RAS-R and the PP affect the energetic balance of the Japanese oyster, limiting the energy and reflecting less reproduction effort in oysters from RAS-R at the end of broodstock conditioning.

SRA, biomineralización, Vasa-like, Tyr, ostión RAS, biomineralization, Vasa-like, Tyr, oyster BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA GENÉTICA CITOGENÉTICA ANIMAL CITOGENÉTICA ANIMAL

Cálculo de la dispersión longitudinal en corrientes

LUIS FRANCISCO LEON VIZCAINO (1990, [Artículo])

En años recientes, ante el aumento de los problemas por contaminación, se ha despertado un interés creciente dentro de la comunidad hidráulica por analizar y predecir la evolución de los contaminantes que son descargados en los cuerpos de agua. Las soluciones numéricas para resolver la ecuación de convección-difusión son numerosas y a veces demasiado refinadas, con el intento de eliminar comportamientos oscilatorios. Es bien conocido que la práctica común de separar efectos en la solución y en los análisis de estabilidad, no es siempre la mejor forma de resolver los problemas de dispersión. Este trabajo es una aportación en el campo del cálculo numérico de la difusión en ríos, específicamente en la solución de la ecuación de dispersión longitudinal en procesos sujetos a convección-difusión. Dicha ecuación se presenta en su forma unidimensional y se resuelve con esquemas explícitos de diferencias finitas. Se presentan los resultados de un nuevo método de estabilidad, dando los rangos de los números de Courant y Péclét que garantizan la solución numérica con esquemas explícitos. Por último, se comparan los resultados de los esquemas con soluciones analíticas y datos de laboratorio y se comprueba su exactitud. De esta manera, se obtienen métodos sencillos y estables para el cálculo de la dispersión.

Dispersión longitudinal Solución analítica INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA

Structural violence against children in Chihuahua

Hector Castro-Loera Gabriela Orozco Lopez (2022, [Artículo, Artículo])

Within the framework of philosophy and its social function, structural violence against children in Chihuahua is studied; To approach the phenomenon and propose alternatives, three theories will be related: i) feminist studies regarding violence, concepts such as intersectionality, pedagogies of cruelty and structural violence will be used, ii) the philosophy of children's rights, child´s play will be appreciated as a necessity and legal position of freedom, and iii) the event of the Aufklärung, that is, the assimilation of the present of humanity or the Enlightenment in Foucault's thought.

Structural violence Philosophy and children´s rights Chihuahua Violencia estructural Filosofía y derechos de niños CIENCIAS SOCIALES CIENCIAS SOCIALES

GENERACIÓN DE HACES ESTRUCTURADOS PARCIALMENTE COHERENTES

Maria Fernanda Arvizu Soto (2024, [Tesis de maestría])

"Mediante la manipulación de la intensidad, polarización y fase de un campo luminoso es como podemos obtener luz estructurada. Los estudios han demostrado que los haces parcialmente coherentes son más resistentes a las fluctuaciones atmosféricas. En esta tesis presentamos el modelo matemático, la generación computacional del Haz Vectorial Parcialmente Coherente (PCVB) y dos configuraciones experimentales para generarlos con la ayuda de un Dispositivo Micro Espejo Digital (DMD). Los resultados teóricos esperados concuerdan con las simulaciones y allanan el camino para otros resultados teóricos y experimentales, que se dejan como trabajo futuro."

Luz estructurada Haces vectoriales Coherencia parcial Dispositivo digital de microespejos CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA FÍSICA ÓPTICA OPTICA FÍSICA OPTICA FÍSICA

Relación de adenovirus 36 con la obesidad, expresión de genes (c/ebpB y hif-1A) y la morfologia del tejido adiposo.

JORGE BARRERA ALCOCER (2021, [Tesis de doctorado])

Introducción: Al origen infeccioso de la obesidad se le conoce como ¿infectobesidad¿. Los primeros estudios realizados en modelos animales, como pollos, ratones y primates no humanos, asociaron la presencia de anticuerpos contra HAd36 con el desarrollo de la obesidad y la ganancia de peso, de igual manera los ensayos realizados en preadipocitos (3T3-L1) y células madre adiposas humanas (hASCc) han demostrado que HAd36 se asocia con la expresión de genes implicados en la diferenciación celular y el metabolismo de lípidos. Los estudios realizados para identificar el DNA viral en tejido adiposo son pocos y los resultados inconsistentes. Objetivo: Analizar la presencia del DNA de HAd36 en biopsias de tejido adiposo subcutáneo y su relación con la obesidad, cambios morfológicos de los adipocitos y la expresión de genes adipogénicos y de metabolismo celular. Materiales y Métodos: Se recolectaron un total de 52 biopsias de tejido adiposo subcutáneo de mujeres sometidas a liposucción y/o lipectomia. Se realizó una evaluación antropométrica y clínico-bioquímica. La identificación del DNA de HAd36 se realizó por PCR convencional, la expresión de los genes C/EBPB, HIF-1A y ¿-actina se determinó utilizando sondas TaqMan. La morfología celular se analizó en secciones de tejido adiposo teñidas con H&E, la estimación del número y tamaño de las células se realizó con el software Image J Fiji. Resultados: Se identificó el DNA de HAd36 en 16 muestras de tejido adiposo subcutáneo (31%). La presencia del DNA viral no se asoció con los parámetros antropométricos o metabólicos, tampoco con cambios en la morfología del tejido adiposo. Los niveles de expresión de mRNA para C/EBPB y HIF-1A no mostraron diferencias significativas entre las muestras positivas y negativas al DNA viral (p>0.05). Conclusión: El DNA de HAd36 puede estar presente en el tejido adiposo subcutáneo, pero la presencia del DNA viral no se encontró relacionado con los cambios morfológicos en este tejido, ni con la expresión de genes como C/EBPB y HIF-1A.

BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA GENÉTICA GENÉTICA CLÍNICA

La construcción social del indígena en espacios urbanos latinoamericanos

Patricio Barrientos Pereira (2005, [Tesis de doctorado])

Lo que van a leer en las siguientes páginas, básicamente es un ejercicio de carácter teórico y etnográfico, donde se busca plasmar aspectos del mundo indígena urbano en relación con el entorno social vigente en ciudades como Guadalajara y Santiago. Originalmente partió como un trabajo etnográfico, pero al paso del tiempo y de las dudas que iban surgiendo, se transformó en un intento de visualizar el proceso de la construcción de la nación vigente en Chile y México...

Migración Rural-Urbana Desarrollo de la Comunidad Estructura Social Etnología HUMANIDADES Y CIENCIAS DE LA CONDUCTA ANTROPOLOGÍA ETNOGRAFÍA Y ETNOLOGÍA ETNOGRAFÍA Y ETNOLOGÍA

Efectos de interacción suelo-estructura en edificios con planta baja blanda

LUCIANO ROBERTO FERNANDEZ SOLA JAVIER AVILES LOPEZ (2008, [Artículo])

Las estructuras con planta baja flexible son muy vulnerables a la acción de sismos. Esto es debido, principalmente, a la falta de rigidez y resistencia en el piso blando. Las Normas Técnicas Complementarias para Diseño por Sismo del RCDF tratan el problema como una condición de irregularidad estructural, limitándose a reducir el factor de comportamiento sísmico que controla las resistencias de diseño. De esta forma se aumenta la capacidad de rigidez y resistencia de toda la estructura, pero no se corrige el contraste que existe entre el piso blando y el resto de los entrepisos. En este trabajo se desarrolló un modelo numérico para estimar la respuesta dinámica de estructuras con planta baja flexible desplantadas sobre suelo blando.

Estructuras flexibles Sismos Modelos matemáticos INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA