RNAseq of diverse spring wheat cultivars released during last 110 years

awais rasheed Huihui Li (2023, [Artículo])

CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA RNA SEQUENCE SPRING WHEAT ROOT ARCHITECTURE GENES

A Novel Technique for Classifying Bird Damage to Rapeseed Plants Based on a Deep Learning Algorithm.

Ali Mirzazadeh Afshin Azizi Yousef Abbaspour_Gilandeh José Luis Hernández-Hernández Mario Hernández Hernández Iván Gallardo Bernal (2021, [Artículo])

Estimation of crop damage plays a vital role in the management of fields in the agricultura sector. An accurate measure of it provides key guidance to support agricultural decision-making systems. The objective of the study was to propose a novel technique for classifying damaged crops based on a state-of-the-art deep learning algorithm. To this end, a dataset of rapeseed field images was gathered from the field after birds¿ attacks. The dataset consisted of three classes including undamaged, partially damaged, and fully damaged crops. Vgg16 and Res-Net50 as pre-trained deep convolutional neural networks were used to classify these classes. The overall classification accuracy reached 93.7% and 98.2% for the Vgg16 and the ResNet50 algorithms, respectively. The results indicated that a deep neural network has a high ability in distinguishing and categorizing different image-based datasets of rapeseed. The findings also revealed a great potential of Deep learning-based models to classify other damaged crops.

rapeseed classification damaged crops deep neural networks INGENIERÍA Y TECNOLOGÍA CIENCIAS TECNOLÓGICAS TECNOLOGÍA DE LOS ALIMENTOS

Evaluación del acondicionamiento reproductivo del ostión japonés (Magallana gigas) en dos sistemas de recirculación con prevalencia de polidóridos mediante la expresión de genes

Evaluation of Japanese oyster (Magallana gigas) broodstock conditioning in two recirculating systems with the prevalence of Polidorids through gene expression

Adrián Andrés Morales Guadarrama (2024, [Tesis de maestría])

El ostión Magallana gigas es ampliamente cultivado a nivel mundial. En Baja California, México, los laboratorios de reproducción deben acondicionar ostiones para su maduración y producción de gametos, y abastecer de semilla a los productores. En nuestro laboratorio, Sistemas de Recirculación Acuícola (SRA), con control del sistema CO2-Carbonatos (SRA-R) o sin control (SRA-C), han permitido madurar ostiones M. gigas y M. sikamea. Recientemente, los ostiones M. gigas acondicionados en nuestros SRA no maduraron, y algunos presentaron prevalencia de polidóridos (PP), poliquetos parásitos excavadores de concha. Para comprender la condición de los ostiones, evaluamos el efecto del SRA y de la PP sobre la expresión relativa de ocho genes asociados a biomineralización (VpATP y Tyr), inmunidad innata (P38, PGRP-L y TLR2) y reproducción (GnRH-RI, Vasa-like y SP1b) de M. gigas en dos etapas del acondicionamiento, 18 °C y 24 °C. La PP se determinó por la presencia de ampollas en la concha. Mediante RT-qPCR se determinó la expresión de VpATP, Tyr, P38, PGRP-L y TLR2 en el manto, y de GnRH-RI, Vasa-like y SP1b en la gónada. La expresión relativa se evaluó con un enfoque estadístico basado en un análisis Bayesiano de dos vías y comparaciones múltiples, p-valor significativo < 0.05 y corrección de Bonferroni. En 18 °C, la expresión de VpATP, Tyr, TLR2 y P38 fue mayor en ostiones con PP (CPP) que sin PP (SPP). En contraste, la expresión de GnRH-RI, Vasa-like y SP1b fue menor CPP que SPP. Dentro del SRA-C, en los ostiones CPP hubo mayor expresión de Tyr y menor expresión de Vasa-like y SP1b, respecto a los ostiones SPP. Esto sugiere que la PP induce la reparación de la concha y las respuestas inmune e inflamatoria en el manto mientras que en la gónada reduce el desarrollo de las células germinales. En 24 °C, en el SRA-R hubo menor expresión de SP1b respecto del SRA-C y sugiere menor división celular en la gónada. En conclusión, el SRA-R y la PP afectaron el balance energético del ostión japonés, limitando la energía y reflejando menor esfuerzo reproductivo en los ostiones del SRA-R al final del acondicionamiento reproductivo.

The Japanese oyster (Magallana gigas) is highly cultured worldwide. In Baja California, Mexico, the reproduction laboratories must condition oysters to maturity and have gametes to supply oyster seeds to producers. In our laboratory, recirculating aquaculture systems (RAS), with control of the CO2-Carbonate system (RAS-R) and without this control (RAS-C), have allowed oysters M. gigas and M. sikamea to mature. Recently, the M. gigas oysters conditioned in our RAS did not mature, and some have the prevalence of Polidorids (PP), shell-boring polychaete parasites. To understand the oysters' condition, we evaluated the effect of RAS and the PP on the relative expression of eight genes associated with biomineralization (VpATP and Tyr), innate immunity (P38, PGRP-L, and TLR2), and reproduction (GnRH-RI, Vasa-like, and SP1b) of M. gigas at two phases of broodstock conditioning, 18 °C and 24 °C. The PP was determined by mud blisters at the inner oyster shell. RT-qPCR determined the expression of VpATP, Tyr, p38, PGRP-L, and TLR2 in the mantle tissue and GnRH-RI, Vasa-like, and SP1b in the gonad tissue. The relative gene expression was evaluated by a Bayesian statistics frame based on a two-way and multiple comparison analysis, with significant p-value < 0.05 and Bonferroni correction. At 18 °C, there was higher expression of VpATP, Tyr, TLR2, and P38 in oysters with PP (WPP) than without PP (WOPP). In contrast, the expression of GnRH-RI, Vasa-like, and SP1b was less WPP than WOPP. It suggests that the PP induces shell repair and immune and inflammatory responses in mantle tissue, while in gonad tissue, it reduces the development of germinal cells. At 24 °C, in RAS-R, there was less expression of SP1b respect RAS-C, and it suggests less cellular division in the gonad. In conclusion, the RAS-R and the PP affect the energetic balance of the Japanese oyster, limiting the energy and reflecting less reproduction effort in oysters from RAS-R at the end of broodstock conditioning.

SRA, biomineralización, Vasa-like, Tyr, ostión RAS, biomineralization, Vasa-like, Tyr, oyster BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA GENÉTICA CITOGENÉTICA ANIMAL CITOGENÉTICA ANIMAL

Propaganda against Mexican women married to Chinese immigrants in Chihuahua 1920-1940

Vladimir Alejandro Armendáriz Romero Jesús Adolfo Trujillo Holguín (2023, [Artículo, Artículo])

At the turn of the 20th century and at the beginning of the new revolutionary government stage in Mexico, the press was an effective way to disseminate propaganda for the nationalist ideology of the State. An important part of this diffusion covered the question of the racial constitution of the mexicans, which led to the need to convince the public that it was important to determine controls over women and with whom they married since they were responsible for the reproduction of the Mexican race. Therefore, a mixture of races considered undesirable, such as the Chinese, was detestable. This propaganda occurred in the context of national anti-Chinese and anti-Jewish campaigns in which they wanted to expel these foreigners on the pretext that their presence and mixing with them would result in degeneration. In Chihuahua there are indications of this propaganda, but also that women married to Chinese resisted this campaign against their families.

Racism gender social control mestizophobia propaganda Racismo género control social mestizofobia HUMANIDADES Y CIENCIAS DE LA CONDUCTA HUMANIDADES Y CIENCIAS DE LA CONDUCTA

Reciprocal recurrent selection based on genetic complementation: An efficient way to build heterosis in diploids due to directional dominance

GIOVANNY COVARRUBIAS-PAZARAN Christian Werner Dorcus Gemenet (2023, [Artículo])

Selection Strategies Reciprocal Recurrent Selection Dominance-Based Heterosis CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA GENETICS HETEROSIS MAIZE HYBRIDS FOOD SECURITY COMBINING ABILITY

Abiotic stress tolerance: Genetics, genomics, and breeding

Yunbi Xu Rajeev Varshney (2023, [Artículo])

Wheat Ancestors Modern Varieties Agronomic Performance CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA ABIOTIC STRESS GENETICS GENOMICS BREEDING GERMPLASM DROUGHT STRESS

Genome-based predictions of sub-genome genetic interactions effects in wheat populations

David González-Diéguez (2023, [Objeto de congreso])

CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA GENOMES WHEAT GENETICS MARKER-ASSISTED SELECTION GENETIC VARIANCE HYBRIDS

Integration of novel SSR and gene-based SNP marker loci in the chickpea genetic map and establishment of new anchor points with Medicago truncatula genome

Spurthi Nayak Polavarapu Kavi Kishor Rajeev Varshney (2010, [Artículo])

Simple Sequence Repeats Mapping Population Translational Studies CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA ANCHORS CHICKPEAS CICER ARIETINUM GENETIC MAPS GENETIC MARKERS MEDICAGO MEDICAGO TRUNCATULA MICROSATELLITES SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM GENES

Relación de adenovirus 36 con la obesidad, expresión de genes (c/ebpB y hif-1A) y la morfologia del tejido adiposo.

JORGE BARRERA ALCOCER (2021, [Tesis de doctorado])

Introducción: Al origen infeccioso de la obesidad se le conoce como ¿infectobesidad¿. Los primeros estudios realizados en modelos animales, como pollos, ratones y primates no humanos, asociaron la presencia de anticuerpos contra HAd36 con el desarrollo de la obesidad y la ganancia de peso, de igual manera los ensayos realizados en preadipocitos (3T3-L1) y células madre adiposas humanas (hASCc) han demostrado que HAd36 se asocia con la expresión de genes implicados en la diferenciación celular y el metabolismo de lípidos. Los estudios realizados para identificar el DNA viral en tejido adiposo son pocos y los resultados inconsistentes. Objetivo: Analizar la presencia del DNA de HAd36 en biopsias de tejido adiposo subcutáneo y su relación con la obesidad, cambios morfológicos de los adipocitos y la expresión de genes adipogénicos y de metabolismo celular. Materiales y Métodos: Se recolectaron un total de 52 biopsias de tejido adiposo subcutáneo de mujeres sometidas a liposucción y/o lipectomia. Se realizó una evaluación antropométrica y clínico-bioquímica. La identificación del DNA de HAd36 se realizó por PCR convencional, la expresión de los genes C/EBPB, HIF-1A y ¿-actina se determinó utilizando sondas TaqMan. La morfología celular se analizó en secciones de tejido adiposo teñidas con H&E, la estimación del número y tamaño de las células se realizó con el software Image J Fiji. Resultados: Se identificó el DNA de HAd36 en 16 muestras de tejido adiposo subcutáneo (31%). La presencia del DNA viral no se asoció con los parámetros antropométricos o metabólicos, tampoco con cambios en la morfología del tejido adiposo. Los niveles de expresión de mRNA para C/EBPB y HIF-1A no mostraron diferencias significativas entre las muestras positivas y negativas al DNA viral (p>0.05). Conclusión: El DNA de HAd36 puede estar presente en el tejido adiposo subcutáneo, pero la presencia del DNA viral no se encontró relacionado con los cambios morfológicos en este tejido, ni con la expresión de genes como C/EBPB y HIF-1A.

BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA GENÉTICA GENÉTICA CLÍNICA

Multi-locus genome wide association mapping for yield and its contributing traits in hexaploid wheat under different water regimes

Vijay Gahlaut Vandana Jaiswal Pushpendra Kumar Gupta (2019, [Artículo])

Genome-Wide Association Study Marker-Trait Associations CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA GENETIC LINKAGE GENETICS PROCEDURES QUANTITATIVE TRAIT LOCI WHEAT CHROMOSOME MAPPING