Draft Genome Sequence of Pediococcus pentosaceus Strain PP16CC, Isolated from Oyster Crassostrea corteziensis

JULIO ANTONIO HERNANDEZ GONZALEZ RICARDO VAZQUEZ JUAREZ Jose Manuel Vazquez-Guillen Carlos Rangel Dávalos MARIA CRISTINA RODRIGUEZ PADILLA MAURILIA ROJAS CONTRERAS (2022, [Artículo])

"Pediococcus pentosaceus strain PP16CC comes from the intestine of Crassostrea corteziensis. A 1.82-Mbp draft genome of this strain was assembled using A5-miseq from illumina reads, resulting in 4 contigs and 1,856 predicted protein coding genes. Additionally, 23 proteins belonging to various glycosyl hydrolase families and 6 prophage regions were identified."

Genome Sequence, Pediococcus pentosaceus BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA) GENÉTICA ANIMAL GENÉTICA ANIMAL

Daily rainfall interpolation models obtained by means of genetic programming

Modelos de interpolación de precipitación diaria obtenidos a partir de programación genética.

MARITZA LILIANA ARGANIS JUAREZ KATYA RODRIGUEZ VAZQUEZ (2015, [Artículo])

Se aplicó el algoritmo de cómputo evolutivo de programación genética (PG) para obtener modelos matemáticos de interpolación de precipitación diaria en una estación climatológica, utilizando datos medidos en las estaciones cercanas a la cuenca del Río Cutzamala en México. Los modelos obtenidos toman en cuenta tanto las coordenadas geográficas de las estaciones climatológicas como su elevación; la respuesta de los modelos se comparó contra los resultados obtenidos con ayuda de regresiones lineales múltiples, presentando un mejor desempeño programación genética. Adicionalmente, se construyeron mapas de isoyetas para comparar las formas espaciales entre los datos de precipitación medidos y calculados en la cuenca del río Cutzamala para una tormenta máxima histórica registrada en el año 2006, observándose concordancia en los resultados en el caso de precipitaciones mayores de 23 mm. La programación genética representa una herramienta de utilidad práctica para aproximar modelos matemáticos de variables aplicadas en problemas de ingeniería y se pueden obtener nuevos modelos en distintas cuencas al aplicar estos algoritmos.

Medidas de precipitación Programación genética Modelos matemáticos CIENCIAS FÍSICO MATEMÁTICAS Y CIENCIAS DE LA TIERRA

HERENCIA MENDELIANA EN MICROSATÉLITES DE ABULÓN AMARILLO Haliotis corrugata

MENDELIAN INHERITANCE IN PINK ABALONE Haliotis corrugata MICROSATELLITES

HERANÇA MENDELIANA DOS MICROSSATÉLITES DE AMARELO ABULON Haliotis corrugata

NOE DIAZ VILORIA RICARDO PEREZ ENRIQUEZ DANIEL AGUILAR OSUNA Pedro Cruz Hernández (2013, [Artículo])

"En México la pesquería de abulón amarillo (Haliotis corrugata) se ha visto fuertemente afectada por la sobrepesca y factores ambientales. En este contexto, la repoblación de los bancos silvestres mediante liberación de larvas o juveniles producidos en laboratorio se ha vislumbrado como una alternativa para incrementar la producción. Cualquier programa de repoblamiento debe considerar una estrategia de manejo genético que evite la pérdida de diversidad genética y que permita dar seguimiento del pedigrí de los individuos producidos en laboratorio y liberados posteriormente en los bancos naturales. Uno de los requisitos de los marcadores moleculares tipo microsatélites empleados para la asignación de parentesco en análisis de pedigrí es su conformación al modelo de herencia mendeliana. En el presente estudio se analizaron larvas veliger de H. corrugata de tres familias no emparentadas (cada una de hermanos completos) con 11 loci microsatélites para evaluar si sus clases genotípicas se ajustaban a las proporciones esperadas bajo herencia mendeliana. Las proporciones genotípicas de ocho loci (Hco15, Hco19, Hco22, Hco47-2, Hco47-3, Hco194, Hka3 y Hka56) se ajustaron a las proporciones mendelianas esperadas, dos loci (Hco47-1 y Hco97) mostraron desviaciones significativas (P<0,05) y en un locus (Hco16) no se pudo comprobar segregación mendeliana. Para análisis de parentesco futuros en esta especie se recomienda el uso de un grupo de al menos seis loci en el cual deben incluirse Hco19, Hco22, Hco47-2 y Hka3 debido a sus moderados a altos polimorfismos."

"In Mexico, the pink abalone (Haliotis corrugata) fishery has been strongly affected by overfishing and environmental factors. In this context, reseeding of natural beds through the release of hatchery produced larvae or juveniles, has been envisioned as an alternative to increase production. Any reseeding program should take in account a genetic management strategy, which avoids the loss of genetic diversity and enables to follow the pedigree of hatchery produced individuals being released in the natural beds. One of the requisites of microsatellites as molecular markers for parentage assignment is their agreement to Mendelian inheritance model. In the present study, Haliotis corrugata veliger larvae from three unrelated families (of fullsibs each), were analyzed with 11 microsatellite loci, to assess if their genotypic classes were in agreement to expected ratios under Mendelian inheritance. The genotypic ratios of eight loci (Hco15, Hco19, Hco22, Hco47-2, Hco47-3, Hco194, Hka3, and Hka56) were in agreement with Mendelian expected ratios, two loci (Hco47-1 and Hco97) showed significant deviations (P<0.05), and in one locus (Hco16) Mendelian segregation could not be demonstrated. From the results we suggest the use a group of at least 6 loci in subsequent parentage analyses in which loci Hco19, Hco22, Hco47-2 and Hka3 should be included because their moderate to high polymorphisms."

Abalón, Haliotis corrugata, Hermanos Completos, Herencia Mendeliana, Microsatélites pink abalone, microsatellites BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA) GENÉTICA ANIMAL GENÉTICA ANIMAL

Un gen para ti, un gen para mí: flujo genético entre parientes silvestres y plantas domesticadas

Mauricio Heredia Pech MARIANA CHAVEZ PESQUEIRA (2023, [Artículo])

El flujo genético se refiere al movimiento de genes entre individuos o poblaciones. En ocasiones puede darse también entre especies cercanamente emparentadas, como en el caso de las plantas domesticadas y sus parientes silvestres. Los parientes silvestres son de gran importancia para la seguridad alimentaria debido a su gran diversidad genética, que los convierte en una reserva natural de genes. Las consecuencias del flujo genético silvestre-domesticado dependerán de la intensidad y dirección en la que se muevan los genes, siendo la preocupación principal el riesgo que puede existir para el mantenimiento de la diversidad genética de los parientes silvestres.

CONSERVACION DISPERSION DIVERSIDAD GENETICA FUERZA EVOLUTIVA SELECCION ARTIFICIAL BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA VEGETAL (BOTÁNICA) ECOLOGÍA VEGETAL ECOLOGÍA VEGETAL

Diversidad arbórea y carbono almacenado en selvas bajo manejo forestal comunitario en Yucatán, México

Tree diversity and carbon stored in communally managed tropical forests in Yucatan, Mexico

MARIA CAMILA HURTADO TORRES JUAN MANUEL DUPUY RADA PATRICIA IRENE MONTAÑEZ ESCALANTE JUAN JOSE MARIA JIMENEZ OSORNIO (2022, [Artículo])

El manejo forestal comunitario sustentable favorece la economía de las comunidades rurales sin comprometer la capacidad de regeneración ni los servicios ecosistémicos que brindan las selvas, como el almacenamiento de carbono. Esta actividad ha sido ampliamente documentada en la Península de Yucatán, pero escasamente evaluada en el estado de Yucatán. En esta investigación se hizo una comparación de composición arbórea, estructura, diversidad y carbono almacenado en la biomasa aérea en tres áreas de selva mediana subcaducifolia con diferente tiempo de regeneración después de un aprovechamiento forestal en el ejido San Agustín (AAF1, AAF10 y AAF+50 años). En cada una se establecieron dos conglomerados conformados por cuatro parcelas circulares de 400 m 2, en las que se identificaron y midieron (diámetro y altura) todos los árboles de diámetro mayor o igual a 7.5 cm. Se analizó la distribución de tamaños de los árboles, la diversidad de especies, su valor de importancia relativo y la biomasa aérea (a partir de ecuaciones alométricas). La especie más dominante fue Bursera simaruba y el AAF+50 presentó la menor dominancia. La distribución de clases diamétricas no varió entre las áreas de aprovechamiento y mostró un patrón de J invertida, lo cual sugiere un alto potencial de regeneración. La diversidad tampoco varió entre las áreas de aprovechamiento, mientras que el carbono almacenado en la biomasa aérea sí, siendo mayor en el AAF+50 (65.2 t /ha). Los resultados indican que el plan de manejo establecido por el ejido no ha afectado la diversidad arbórea ni su potencial de regeneración y permite un alto almacenamiento de carbono.

APROVECHAMIENTO FORESTAL BIOMASA AÉREA DISTRIBUCIÓN DE TAMAÑOS DIVERSIDAD VERDADERA SERVICIOS ECOSISTEMICOS SELVA MEDIANA SUBCADUCIFOLIA BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA VEGETAL (BOTÁNICA) ECOLOGÍA VEGETAL ECOLOGÍA VEGETAL

Parques vemos, biodiversidad no sabemos: el caso de la herpetofauna de la ciudad de Mérida

Roberto Carlos Barrientos Medina (2023, [Artículo])

La herpetofauna, constituida por las diferentes especies de anfibios y reptiles que se pueden encontrar en un hábitat, es un buen grupo indicador de diversidad, ya que presenta características de movilidad que los hacen ser más dependientes del hábitat (lugar en el que viven). En este trabajo se analizan los patrones de diversidad de los anfibios y reptiles que se pueden encontrar en los parques ecológicos de Mérida, en distintos niveles de expresión (alfa, beta y gamma). Los resultados señalan la influencia del grado de urbanización, de acuerdo con los patrones encontrados en las diversidades beta y gamma.

AMBIENTES ANTROPIZADOS ECOLOGIA URBANA NIVELES DE DIVERSIDAD PATRONES ECOLOGICOS YUCATAN BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA ANIMAL (ZOOLOGÍA) HERPETOLOGÍA HERPETOLOGÍA

Distribución del carbono forestal y la riqueza de especies en la Reserva Ecológica Cuxtal, Yucatán, México

JOSE LUIS HERNANDEZ STEFANONI Juan Andrés Mauricio Fernando de Jesús Tun Dzul LUIS ANGEL HERNANDEZ MARTINEZ KARINA ELIZABETH GONZALEZ MUÑOZ VÍCTOR ALEXIS PEÑA LARA ERIC ANTONIO GAMBOA BLANCO (2023, [Artículo])

En este estudio se generaron mapas de la densidad de carbono y la riqueza de especies de árboles en la Reserva Ecológica Cuxtal, así como mapas bivariados para evaluar la relación espacial entre ambas variables. La correlación entre la densidad de carbono y la riqueza de especies en la reserva fue positiva con un valor de 89%. Además, el 16.9% de la superficie de la reserva presentó valores altos de carbono almacenado y riqueza de especies. Los resultados destacan la importancia de combinar mapas de carbono y riqueza de especies para identificar áreas relevantes para la conservación de la biodiversidad y el mantenimiento del servicio ecosistémico de almacenamiento de carbono.

AREAS NATURALES PROTEGIDAS BIOMASA AEREA BOSQUES TROPICALES SECOS DIVERSIDAD DE ESPECIES BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA BIOLOGÍA VEGETAL (BOTÁNICA) ECOLOGÍA VEGETAL ECOLOGÍA VEGETAL

Variación espacio-temporal del ensamblaje de peces criptobentónicos y conspicuos en dos áreas naturales protegidas, Bahía de los Ángeles y Huatulco

Spatial and temporal variation of the assemblage of cryptobenthic and conspicuous reef fish in two protected natural areas, Bahía delos Ángeles and Huatulco

Rodrigo Daniel Chiriboga Ortega (2023, [Tesis de maestría])

Los peces arrecifales desempeñan roles ecológicos muy importantes manteniendo la salud de los arrecifes siendo limpiadores, recicladores de materia orgánica y además fuente de alimento entre eslabones de la cadena trófica. El presente trabajo busca describir el ensamblaje de peces arrecifales crípticos y conspicuos, y evaluar los patrones espaciales y temporales del ensamblaje de peces arrecifales en Bahía de Los Ángeles, Baja California (BLA) y el Parque Nacional Huatulco (PNH), Oaxaca. Utilizamos dos métodos de muestreo censos visuales y estaciones cerradas. Para evaluar a los peces conspicuos, se realizaron censos visuales empleando transectos de banda de 20x4 m. Para cuantificar la biodiversidad de peces crípticos, se realizaron estaciones cerradas (0.4 m2 ) en donde se utilizó aceite de clavo como anestésico para recolectar los peces arrecifales criptobentónicos (PACr). Las dos metodologías se realizaron en dos gradientes de profundidad (somero; < 5 m y profundo; > 5 m) y en dos estaciones (cálida y fría). Se realizaron curvas de acumulación de especies y un análisis del número efectivo de especies para describir la riqueza y diversidad de cada zona de estudio. Finalmente, para determinar patrones espacio temporales se realizaron análisis nMDS, PERMANOVAS y SIMPER. La riqueza total fue de 43 especies para BLA y 62 para el PNH representando el 80% y 79% del promedio de los estimadores no paramétricos respectivamente. Se aumentó el número de especies registradas a 94 para BLA y 209 para el PNH utilizando las estaciones cerradas. Se observaron diferencias significativas entre estaciones y profundidad en el ensamblaje de PACs de BLA, pero no para los PACr. En el PNH se observaron diferencias significativas para la riqueza y abundancia de los PACr y variación temporal de la biomasa de los PACs. En conclusión se demostró que el uso de métodos de muestreo complementarios mejora la calidad de los inventarios de especies y permite detectar variaciones espacio temporales en la estructura de la comunidad íctica.

Reef fishes perform important ecological roles in maintaining reef health by cleaning and recycling organic material, and by providing a source of food between trophic linkages. The thesis describes cryptic and conspicuous reef fish assemblages and estimates their spatial and temporal patterns of in two sites, Bahía de Los Ángeles (BLA) in the state of Baja California and Huatulco National Park (PNH), in the state of Oaxaca. We used two sampling methods: visual census using SCUBA (band transects of 4x20m) for conspicuous reef fish (PAC) and enclosed stations (0.4 m2) using clove oil to anesthetize and collect the cryptobenthic reef fish (PACr). Sampling was conducted at two depth strata (shallow; < 5 m and deep; > 5m) and during two seasons (warm and cold). We used species accumulation curves and analysis of effective number of species to describe the richness and diversity of reef fish. Finally, nMDS, PERMANOVAS and SIMPER were performed to determine spatial and temporal patterns. The total species richness was 43 species for BLA and 62 species for the PNH, representing 80% and 79%, respectively, of the average of the non-parametric estimators. The number of species increased to 94 for BLA and 209 for PNH using enclosed stations. Significant differences between seasons and depth strata were found for the PACs assemblage at the BLA site, but not for the PACr assemblage. At the PNH site, significant differences were found for the richness and abundance of the PACr assemblage for depth as well as for the seasonal variation of the biomass of the PACs assemblage. In conclusion we demonstrated that the use of complementary sampling methods improves the quality of species inventories and allows for the detection of both spatial and temporal variations in the structure of the reef fish community.

diversidad, peces arrecifales, criptobentónico, biomasa, espacio-temporal biodiversity, reef fishes, cryptobenthic, biomass, spatial-temporal CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA CIENCIAS AGRARIAS PECES Y FAUNA SILVESTRE DINÁMICA DE LAS POBLACIONES DINÁMICA DE LAS POBLACIONES

La Funcionalidad Física Arrecifal, indicador de la diversidad funcional en ensamblajes de peces de arrecifes en el Parque Nacional Islas Marietas, Nayarit, México

Reef Physical Functionality, indicator of functional diversity on reef fishes assemblages from Islas Marietas National Park, Nayarit, Mexico

Luis Mario Montalvo Jaramillo (2023, [Tesis de maestría])

La ecología funcional se basa en el uso de rasgos funcionales; características de las especies (morfológicas, fisiológicas, comportamiento) medidas a nivel individual que influencian el rendimiento de una especie, siendo de gran utilidad para determinar cambios dentro del ecosistema. El presente trabajo busca evaluar la funcionalidad física como indicador de disponibilidad de hábitat de peces y su relación con la diversidad funcional. La funcionalidad física del arrecife se evaluó mediante el IFA integrando datos de cobertura coralina, complejidad estructural y tasa de calcificación. La estructura de los ensamblajes de peces se analizó mediante el cálculo de índices de diversidad funcional (riqueza, equitatividad y divergencia) con base en cuatro rasgos funcionales (tamaño corporal, movilidad, tipo de agregación y dieta). La relación entre la diversidad funcional del ensamblaje y el IFA se evaluó mediante un análisis de regresión lineal. El IFA fue influenciado de manera positiva por la presencia Pocilloporidos al generar un mayor aporte a la funcionalidad física (FF) y consecuentemente, una mayor provisión de hábitat. Por el contrario, el IFA disminuyó con la presencia de Porites panamensis debido a su baja tasa de calcificación.La diversidad funcional de los ensamblajes no presentó variaciones temporales, atribuible a una baja variabilidad entre los sitios debido a una alta cercanía, baja variacion batimétrica y alta conectividad. La relación entre el IFA y la riqueza funcional de los ensamblajes se atribuye a que sitios con mayor funcionalidad física otorgan disponibilidad de hábitat y refugio contra la depredación a especies crípticas, de talla pequeña y juveniles; ya que, especies de este tipo se asocian a hoyos similares a su tamaño corporal y la supervivencia de las mismas aumenta en sustratos más complejos.

Functional diversity it’s based on functional traits; characteristics of species (morphological, physiological, behavior) measured at individual level that impact their performance and have great utility to determine changes within the ecosystem. This work aims to evaluate physical functionality as indicator of fish habitat availability and its relationship with functional diversity. The physical functionality of the reef was evaluated using the RFI, integrating data on coral cover, structural complexity, and calcification rate. The structure of the fish assemblages was analyzed by calculating functional diversity index (richness, evenness, and divergence) based on four functional traits (body size, mobility, type of aggregation and diet). The relationship between functional diversity and RFI was evaluated using linear regression analysis. The RFI was influenced on positive way for the presence of Pocilloporids due to the great contribution to physical functionality (PF) creating more habitat availability. For the other hand, the RFI was influenced on negative way for the presence of Porites panamensis due their low calcification rate. The functional diversity of the assemblages did not present temporal variations, attributable to a low variability between the sites due high proximity, low bathymetric variation and high connectivity. The relationship between RFI and the functional richness of the assemblages is attributed to fact that sites with greater physical functionality provide more availability of habitat and refuge against predation to cryptic, small and juvenile species; species of this type are associate with holes similar to their body size and their survival increases in more complex substrates.

Pacífico Méxicano, Índice de Función Arrecifal, Diversidad Funcional, Arrecife Reef, Functional Diversity, Reef Functional Index, Mexican Pacific BIOLOGÍA Y QUÍMICA CIENCIAS DE LA VIDA OTRAS ESPECIALIDADES DE LA BIOLOGÍA OTRAS OTRAS